MAN Insan Cendekia sebagai salah satu madrasah unggulan dibawah pengelolaan Kementerian Agama, telah tumbuh menjadi sebuah lembaga pendidikan yang berkualitas tidak saja secara regional, nasional bahkan internasional. Hal tersebut terbukti dengan berbagai prestasi yang telah diraih antara lain; dalam kegiatan olimpiade sains tingkat nasional (OSN) tahun 2007 memperoleh pedali perunggu bidang Ekonomi dan OSN tahun 2008 memperoleh satu medali emas bidang kebumian dan 2 medali perunggu yaitu bidang ekonomi dan komputer. Disamping itu semakin banyaknya alumni Insan Cendekia yang diterima di perguruan tinggi negeri favorit seperti UI, ITB, UGM, UNIBRAW, Unair, ITS, UNHAS, dll. Juga di perguruan tinggi luar negeri seperti di Jepang dan Malaysia.
Dengan prestasi-prestasi yang telah diraih serta kualitas penyelenggaraan MAN Insan Cendekia selanjutnya Kementerian Agama meningkatkan kualitas MAN Insan Cendekia menjadi Madrasah Program Khusus Berstandar Internasional, dengan kebijakan memberikan beasiswa penuh kepada lulusan MTs Pondok Pesantren dan SMP umum untuk melanjutkan pendidikan di MAN Insan Cendekia.
Keberhasilan yang diraih oleh MAN Insan Cendekia selama ini membuktikan bagusnya mutu pengelolaan dan system yang dijalankan oleh lembaga beserta pelaksana di lapangan. Oleh karena itu untuk melestarikan mutu keunggulan tersebut, sistem pengelolaan MAN Insan Cendekia perlu distandarisasi agar dapat menjadi acuan pengembangan kedepan dan lebih mudah diterapkan pada lembaga lainnya.
