Sejarah lahirnya MAN Insan Cendekia Tanah Laut Kalimantan Selatan diinisiasi dan disepakati oleh para pihak di masa itu, di antaranya Menteri Agama RI, H. Lukman Hakim Saifuddin, Direktur Jenderal Pendidikan Islam, H.Kamaruddin Amin, Direktur Madrasah, H.M. Nur Kholis Setiawan, Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kalimantan, H. Abdul Halim H. Ahmad, Kepala Kantor Kementerian Agama kabupaten Tanah Laut, H.Muhammad Tambrin, dan dukungan Bupati Tanah Laut H. Adriansyah yang menghibahkan tanah pemerintah daerah seluas 10 hektar pada tahun 2013 untuk pembangunan kampus MAN Insan Cendekia Tanah Laut.

 Pembangunan gedung dimulai dari tahun 2014 hingga Madrasah Aliyah Negeri Insan Tanah Laut mulai dioperasionalkan pada tanggal 16 Juli 2016, di ­launching oleh Direktur Madrasah Ditjen Pendis Kemenag RI, H. M. Nur Kholis Setiawan pada acara Stadium General dan sambut siswa generasi pertama tahun pelajaran 2016/2017. Acara tersebut dihadiri pejabat pada saat itu, Ka.Kanwil Kementerian Agama provinsi  Kalimantan Selatan, H. Noor Fahmi, Bupati Tanah Laut, H. Bambang Alamsyah, Kabid Pendidikan Madrasah, H. Fajriannor Subhi, Ka.Kankemenag Tanah Laut, H. Rusmadi, Pjs. Kepala Madrasah, Hilal Najmi, Dewan Guru, Tenaga Kependidikan, orang tua/wali, dan siswa-siswi generasi pertama di MAN Insan Cendekia Tanah Laut. Sedangkan peresmian secara nasional pada tanggal 23 Agustus 2016, bertepatan dengan 20 Syawal 1436 H. Momen tanggal 23 Agustus 2016 diambil sebagai hari lahir MAN Insan Cendekia Tanah Laut karena pada waktu itu merupakan saat 8 MAN Insan Cendekia diresmikan Menteri Agama Republik Indonesia bapak Lukman Hakim Saifuddin pada Ajang Kompetisi Sains Madrasah (KSM) Tingkat Nasional di Pontianak, Kalimantan Barat. Kemudian disusul dengan terbitnya Keputusan Menteri Agama RI nomoe 744 tahun 2017 tentang Pendirian Madrasah Aliyah Negeri Insan Cendekia.

    MAN Insan Cendekia Tanah Laut secara sadar dibangun karena dorongan kebutuhan ideal untuk menghasilkan lulusan pendidikan tingkat menengah berbasis ke-islaman yang kuat di bidang Iman dan Takwa (IMTAK), akhlak mulia, ilmu pengetahuan dan teknologi (IPTEK), dan seni budaya, untuk menjawab tantangan yang dihadapi masyarakat dewasa ini. Upaya menuju keseimbangan yang unggul, perpaduan antara kecerdasan intelektual, emosional, spiritual, dan sosial adalah cita-cita yang hendak dicapai melalui program pendidikan MAN Insan Cendekia dengan model berasrama (Boarding School).

    Adapun Kepala Madrasah yang menjabat di MAN Insan Cendekia Tanah Laut adalah:

1. Hilal Najmi, S.Ag.,M. Pd. I, Pejabat sementara Kepala MAN Insan Cendekia Tanah Laut Periode Tahun 2016 – 2018;

2. Dr. Hilal Najmi, S.Ag.,M.Pd. I Kepala MAN Insan Cendekia Tanah Laut Periode Tahun 2018 sampai 18 Februari 2024;

3. Sugianto, S.Pd., M.Kom, Plt. Kepala MAN Insan Cendekia Tanah Laut Periode 19 Februari 2024 sampai 13 Desember 2024

4.  Siti Salma, S.Pd.I., M.Pd. Kepala MAN Insan Cendekia Tanah Laut Periode 13 Desember 2024 sampai sekarang.

    MAN Insan Cendekia berawal atas kebutuhan sumberdaya manusia yang memiliki kualifikasi tinggi akan ilmu pengetahuan maupun teknologi dan sejalan dengan keimanan maupun ketaqwaan. Prof. Dr. Ing. B. J. Habibie menginisiasi lewat BPPT (Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi) membentuk STEP (Science and Teknology Equity Program). Tujuan STEP adalah penyetaraan program ilmu pengetahuan dan teknologi untuk sekolah dilingkungan pesantren. Pada tahun 1996, STEP melekatkan nama SMU Insan Cendekia sebagai nama lembaga pendidikan. STEP memilih lokasi di Serpong (Banten) dan Gorontalo.

    Rancangan model pendidikan STEP mengambil filosofi magnet school. Lembaga pendidikan ini mampu menarik sekolah sekitarnya untuk terpacu dalam prestasi dan menyiapkan calon pemimpin masa depan bangsa. Pada tahun 2000, BPPT melimpahkan menejerial SMU Insan Cendekia ke Departemen Agama RI. Alih tata kelola ini mengubah nama SMU menjadi MAN Insan Cendekia, meskipun demikian, ciri dan karakter pendidikan STEP tetap melekat dan tidak berubah. Untuk memperluas semangat Insan Cendekia, pada tahun 2015 Pemerintah melalui Kementerian Agama RI mendirikan enam MAN Insan Cendekia yang merupakan repliksi MAN Insan Cendekia yang sudah ada yaitu di Serpong, Gorontalo dan Jambi, yaitu MAN Insan Cendekia Paser, Aceh Timur, Siak, Paser, Pekalongan dan Ogan Komering Ilir serta pada Tahun 2016 kembali dibuka delapan MAN Insan Cendekia yang diantaranya MAN Insan Cendekia Tanah Laut.

    Pada tahun 2014, Kabupaten Tanah Laut merupakan salah satu lokasi yang dibangun MAN IC Tanah Laut dengan lahan seluas 10 Ha yang merupakan HIBAH dari Pemkab Tanah Laut dan saat ini sedang dalam proses pembangunan dan telah dioperasikan untuk kegiatan belajar mengajar Tahun Pelajaran 2016/2017. Madrasah Aliyah Negeri Insan Tanah Laut diresmikan pada tanggal 23 Agustus 2015, bertepatan dengan 20 Syawal 1436 H. Momen tanggal 23 Agustus 2015 diambil sebagai hari lahir MAN Insan Cendekia Tanah Laut karena pada waktu itu merupakan saat 8 MAN Insan Cendekia diresmikan Menteri Agama Republik Indonesia Bapak Lukman Saifuddin di ajang Kompetisi Sains Madrasah (KSM) Tingkat Nasional di Pontianak Kalimantan Barat.

    Lokasi MAN Insan Cendekia Tanah Laut terletak di desa Ambungan Kecamatan Pelaihari Kabupaten Tanah Laut Provinsi Kalimantan Selatan dengan luas tanah 10 hektar yang merupakan tanah hibah dari pemerintah Kabupaten Tanah Laut.

    MAN Insan Cendekia secara sadar dibangun karena dorongan kebutuhan ideal, yaitu menghasilkan lulusan pendidikan tingkat menengah berbasis ke-islaman yang kuat di bidang Iman dan Takwa (IMTAK), akhlak mulia, ilmu pengetahuan dan teknologi (IPTEK), dan seni budaya, untuk menjawab tantangan yang dihadapi masyarakat dewasa ini. Upaya menuju keseimbangan yang unggul, perpaduan antara kecerdasan intelektual, emosional, spiritual, dan sosial adalah cita-cita yang hendak dicapai dari program pendidikan MAN Insan Cendekia, dengan model berasrama (Boarding School) telah menunjukkan sejumlah keberhasilan yang menakjubkan dapat bersaing dengan sekolah pada umumnya.